Description: Pacote destinado a analise de delineamentos experimentais simples (DIC, DBC e DQL), experimentos em esquema de fatorial duplo (em DIC e DBC), experimentos em esquema de parcelas subdivididas no tempo (em DIC e DBC), experimentos em esquema de fatorial duplo com um tratamento adicional (em DIC e DBC), experimentos em esquema de fatorial triplo (em DIC e DBC) e experimentos em esquema de fatorial triplo com um tratamento adicional (em DIC e DBC); realizando a analise de variancia e comparacao de medias pelo ajuste de modelos de regressao ate o terceiro grau (tratamentos quantitativos) ou por testes de comparacao multipla: teste de Tukey, teste de Student-Newman-Keuls (SNK), teste de Scott-Knott, teste de Duncan, teste t (LSD), teste t de Bonferroni (LSD protegido) e teste Bootstrap (tratamentos qualitativos); analise de residuos (Ferreira, Cavalcanti e Nogueira (2014) <doi:10.4236/am.2014.519280>).

Title: Pacote Experimental Designs (Portugues)
Description: Pacote para análise de delineamentos experimentais (DIC, DBC e DQL), experimentos em esquema fatorial duplo (em DIC e DBC), experimentos em parcelas subdivididas (em DIC e DBC), experimentos em esquema fatorial duplo com um tratamento adicional (em DIC e DBC), experimentos em fatorial triplo (em DIC e DBC) e experimentos em esquema fatorial triplo com um tratamento adicional (em DIC e DBC), fazendo analise de variancia e comparacao de multiplas medias (para tratamentos qualitativos), ou ajustando modelos de regressao ate a terceira potencia (para tratamentos quantitativos); analise de residuos (Ferreira, Cavalcanti and Nogueira, 2014) <doi:10.4236/am.2014.519280>.

Title: Non-Additive Expression Analysis of Hybrid Offspring
Authors@R: person("Yuqing", "Wu", , "wuyuqing0104@163.com", role = c("aut", "cre"), comment = c(ORCID = "0000-0002-6333-0926"))
Description: Three functional modules, including genetic features, differential expression analysis and non-additive expression analysis were integrated into the package. And the package is suitable for RNA-seq and small RNA sequencing data. Besides, two methods of non-additive expression analysis were provided. One is the calculation of the additive (a) and dominant (d), the other is the evaluation of expression level dominance by comparing the total expression of the gene in hybrid offspring with the expression level in parents. For non-additive expression analysis of RNA-seq data, it is only applicable to hybrid offspring (including two sub-genomes) species for the time being.
Imports: DESeq2 (>= 1.34.0), futile.logger (>= 1.4.3), ggplot2 (>=
Author: Yuqing Wu [aut, cre] (<https://orcid.org/0000-0002-6333-0926>)